瞿昙寺始建于明朝初期的洪武25年(公元1392年)，距现在已经有619年的历史。六百多年来瞿昙寺以它那雄伟古朴的建筑，珍贵的文物，精美的壁画而享誉四海。1959年被青海省人民政府定为了省级的重点文物保护单位，1982年被国务院定为国家级的重点文物保护单位。
    瞿昙寺是藏传佛教的寺院，却是汉式的建筑风格。瞿昙寺的山门面宽三间，进深两架，单檐歇山顶，面积有240平方米，山门外两侧建有砖雕花纹的左右八字照壁，山门初建于明成化年间，清朝时期进行了重建。 
    山门也叫三门，中间这道门叫空门，进入了空门就已进入佛教的圣地，空门里雕塑着两大神像，藏传佛教称密集金刚，汉传佛教称他们是哼哈二将，他们是寺院的守护神。在山门的第二间珍藏着两件非常珍贵的文物，它是大明第三代皇帝永乐皇帝朱棣为瞿昙寺题写的碑文。左边这通碑叫御制金佛像碑，是永乐十九年三月初一所赐，碑文的大体内容是：如来佛以千百种化身，慈悲为怀，以善为本，解救万物生灵以苦海之中，功德无量，普天之下万民敬仰。明王朝的子民也是佛的子民，为感谢佛对大明子民的教化，特制作一尊金佛像，以表虔诚之心，并把这尊金佛像布施给灌顶净觉弘济大国师班丹藏。置于瞿昙寺内，常保大明王朝吉祥如意，太平永驻。(灌顶净觉弘济大国师班丹藏，是瞿昙寺的僧人)。碑文上说金佛像非常难做，有一天工匠门吃完午饭回来的时候，发现金佛像自然的生成，而且在屋子里瑞光四射，香气弥漫，永乐皇帝觉得非常惊奇，认为这是佛祖和菩萨在显灵。他就非常高兴的把这尊金佛像布施给了瞿昙寺，作为了镇寺之宝，非常可惜由于历史的原因，这尊金佛像已经从瞿昙寺遗失了。
    右边这通碑叫皇帝敕谕碑，是永乐十六年正月二十二日永乐皇帝赐的碑文。皇帝敕谕碑等于是永乐皇帝向西宁地区下了一道圣旨，大体内容是：皇帝敕谕西宁地面大小官员、军民、著色人等，佛教从西方传入我国，久兴不衰，它以四大皆空为宗，普度众生为心，旨在教化普天下之人以善为本，功德无处不在。为了以佛的教意教化众生强不凌弱，大不欺小，平息争斗之风，现有灌顶净觉弘济大国师班丹藏卜在西宁地区盖起佛堂，朕特赐名宝光，你等要尊崇其教，要让本寺僧人自在修行，为大明王朝祈祷祝福，对本寺的寺产和僧侣不准随意侵占和欺凌，本寺僧人或走或住，顺其自然，不得随意阻拦，应当以兴隆佛教，广大佛法来保一方平安，谁胆敢不尊朕命，不敬三宝，故意生事，沾污其教者必罚无赦故谕。永乐皇帝为什么要专为瞿昙寺向西宁地区下一道圣旨呢?在明朝初期，瞿昙寺是西宁东部地区政教合一的权力行政机构所在地，它有上院和下院之分，上院就是现在的瞿昙寺，下院是距其有8公里的药草台寺，上下院共有僧侣960名，上院有380名，下院有580名。明王朝御赐属寺13，领地7沟，属寺最远的内蒙有个寺院，甘肃河西走廊的上房寺，平凉的—个寺院，领地东从现在乐都县的中坝乡，西到平安县的巴藏沟乡，北临湟水，南至化隆县界，东西七道沟，方圆百里地，四周以立碑为界，界内百姓都为瞿昙寺纳粮纳萆。永乐皇帝的这道圣旨巩固了瞿昙寺在明王朝中的重要地位，也为瞿昙寺的发展奠定了坚实的基础。没有这道圣旨，就没有今天这样规模宏大的瞿昙寺。这两通御碑都是用红砂石雕制的藏汉两种文字的碑文。
    进入瞿昙寺的前院，在这里可以大体上看出瞿昙寺建筑的轮廓。它是典型的汉式伽蓝七堂式的建筑。汉式建筑讲究中轴线，在中轴线上整齐的建有山门、金刚殿、曲坛殿、宝光殿、隆国殿，两边对称的建有碑亭、配殿、佛塔、回廊、大小钟鼓楼等。尤其它的后院建筑完全是以北京故宫为篮本的。瞿昙寺有青藏高原小故宫之美称，青海流行着这样一句俗语：浪了曲坛寺，北京再别去。”意思就是说，你看了瞿昙寺的建筑对北京故宫的建筑就有所了解，这是对瞿昙寺建筑最高的褒奖。其实瞿昙寺跟北京故宫相比那真是小巫见大巫，它的建筑只有北京故宫的二十五分之一，但对还没有到过北京故宫的朋友而言，有先睹为快之感觉。
    瞿昙寺前院青砖辅成的路面叫御路，也叫甬路。它跟北京故宫中间的路的意思是一样的，就是皇帝走的路。用栏杆围着的这块路面是六百多年前的老路，在前几年维修瞿昙寺的时候保留了一段路面，供游人参观。   
    瞿昙寺的前院宽敞舒适，苍松翠柏，碧草如荫，菩提飘香，苍松翠柏间矗立着造型别具一格的左右御碑亭，碑亭平面正方形，高14米，四面砌厚墙，开欢门，屋顶为重檐十字脊，跟北京故宫城墙角楼的建筑风格非常相像，它建于明成化年间，是清代。重建的建筑。按照汉式的建筑风格，前院应建钟楼和鼓楼，但瞿昙寺却打破了这一常规，别具匠心的修建了御碑亭，突出了皇权的重要地位。因为御碑亭里的碑文都是明代的皇帝为瞿昙寺题写的碑文。
    左碑亭里的御碑叫御制瞿昙寺碑，这是大明王朝第四代皇帝仁宗皇帝(洪熙)朱高炽为瞿昙寺题写的碑文，仁宗皇帝他在明朝的历史上皇龄特别短暂，只当了一年皇帝就驾崩了，可从碑文的落款上看是洪熙元年正月十五，这就是说他在当皇帝的第一年的第一个月为瞿昙寺题写这通碑文，可想而知瞿昙寺当时在明王朝中的地位有多么高， 明王朝对瞿昙寺是多么重视。朱高炽在这通碑文中说：朕认为佛教博大精深，佛法至神至妙，先天地不见其开始，后天地不见其终止，无处不显其功德。以善为本佛无不有求必应，以虔诚膜拜佛无不从心所愿。所以大明太祖皇帝自一统天下以来，尊崇佛教，并设置专管佛教事务的机构，颁布尊崇佛教条例，使佛教教意惠利于万众生民，又因佛教圣地距我国较远，特在印度较近的西宁地区建造佛寺，体现了太祖皇帝尊崇佛教的虔诚之心。太祖皇帝赐寺院名为瞿昙，从此增进了印度和中国僧侣的交往。太宗皇帝以大德即位，一统天下，更加尊崇佛教，对瞿昙寺再建佛殿，功德如日月星辰，光辉永照。太祖皇帝对瞿昙寺始建于前，太宗皇帝紧随其后，二圣功德与佛无二。山可磨损，而佛法不灭，海可干枯，而佛教教意与世长存，上下万万年永奠四极。实际上这块碑的碑文是仁宗皇帝为他的祖父朱元璋和父亲朱棣在歌功颂德，他把二人说成是功德与佛无二的圣人，就是把皇权和佛权等同相待，说明皇权与佛权一样都是至高无上的。这通碑文是此今为至在我们国家所发现的洪熙皇帝朱高炽留下来的唯一的一块文字的东西，是一件稀有的珍贵文物，也堪称青海第一碑。碑文中有一个确凿的历史考证，那就是我们国家叫中国这—名词源于何时，有很多专家考证时说源于民国时期，也有人说是源于清朝，可在这通碑文中多次出现了中国一词，这充分说明在明朝初期，距现在有578年以前我国就叫中国，这是一个真实的不用置疑的历史考证。
    这通碑是红砂石雕制而成，它由碑冠、碑身、碑座三部分组成，每部分都是整块石料，碑身、碑座各自重—十五吨，红砂石取材于距瞿昙有32公里的乐都县中坝乡。可似想象，五百多年前在没有载重工具情况下，这么重的石头是怎么运来的呢?据说这些石料从中坝运到瞿昙整整运了三年时间，它春、夏、秋三季都不能运，只能是在寒冬腊月路上泼水结冰以后在冰上用木头滑过来的，32公里就整整滑了三年时间。石料运来制作完备还有一个怎么立上去的问题，按当时的条件要使15吨重的碑身腾空而起那是不可能的。传说当时工匠们为立碑绞尽了脑汁想尽了办法。有一天晚上，一个工匠做了一个梦，梦见从寺院后面的山上下来一个须眉白发的老者，工匠认为他是个世外高人，就非常恭敬请教老者：“请问尊敬的老者，我们这通碑怎样才能立起来?”这位老者毫无表情的说：“我已经是土拥到脖子上快要死的人了，什么都不知道。”说完他就不见了。当这位工匠早上梦醒想起老者梦中说的话，他认为这是老者在点化了他，土拥到脖子上去了，那么如果用土把它屯起来，然后在土堆上把碑身用木头滚上去，这碑不就立起来了吗。其实，像这种立碑的方法早在明代以前就有，它不是瞿昙寺的首创，而是僧侣们编出的一个故事而已。在对于碑和碑亭的先后顺序上也众说不一，有的说是先建后立，有人说是先立后建，其实是先立后建，立碑和建亭的时间极差三十八年。
    右碑亭里的碑叫御制瞿昙寺后殿碑。是大明第五代皇帝宣德皇帝朱瞻基为瞿昙寺题写的碑文，碑文题于宣德二年二月初九(公元1428年)，宣德二年二月初九这一天对于瞿昙寺来说是一个非常有纪念意义的日子，这一天是瞿昙寺后院落成典礼的大喜日子，在这大喜的日子里宣德皇帝御题碑文以显皇恩浩荡。瞿昙寺从大明洪武25年修建，到宣德2年完工，第一期工程整整经历了五代皇帝，三十六年时间，建筑年代之长，工程之浩大实属罕见。三十六年间，汉藏兄弟民族的血与汗水铸就了瞿昙寺的辉煌，为中华民族留下了极为珍贵的古建艺术奇葩。这通碑文的大致内容是：当初太祖皇帝受天命而拥有天下，四方八国都尊崇佛的教意前来归顺，太祖对佛万般尊崇，在西宁地区修建佛寺，取名瞿昙，让佛教之徒在此弘扬佛法，造福于天下百姓，皇祖太宗皇帝文武功德崇高；以皇恩仁育天下，又命在瞿昙寺再修佛殿规模宏大，赐名宝光，并敕谕天下尊崇佛教，使佛法传播更加广大，皇祖之心就是太祖皇帝之心，皇考仁宗皇帝继承太祖和太宗皇帝尊祟佛教的遗风，以佛的教义为准，实施仁政，爱民之心昭彰于世，先皇之心即为祖宗之心，三圣之心为朕所继承和遵循，继续修建瞿昙寺后殿以表朕尊崇佛教之心，愿祖考在天之灵福佑国家太平，此乃朕之心愿，皇祖皇考之志如天地之大，如日月之明，大明王朝与佛永远同寿，永垂千万年。这通碑比左边那通碑的碑文晚三年时间。
    在右碑亭的后边有一段坑坑洼洼的路面，是前几年维修时用旧砖仿照以前的路面恢复的一段，它是用胶把旧砖粘贴而成。游瞿昙寺就是回味历史，感受历史，请大家走在古道上感受一下历史的沧桑。
    瞿昙寺的前院有十三棵名贵的树，都是源于印度的，叫菩提树，也叫旃檀树和无悠树。据传说，佛祖释迦牟尼他出生在菩提树下，也悟道成佛在菩提树下，最后又涅蘖在菩提树下，因此上说菩提树就是佛的化身，说每一片树叶就是一尊佛像，所以又把菩提树称之为十万狮子吼，菩提树又是佛舍利的替代品，成为了佛教信徒虔心敬佛的圣物。
    瞿昙寺的金刚殿是前院通向中院的通道，宽三间深两架，面积160平方米，单檐悬山顶，前后开欢门。金刚殿门的上方有一牌匾，上书金丹济世是大清通治二年正月，晋州信士弟子孙应选所赐，这有点道教的氛围。据传说瞿昙寺的活佛曾在甘肃平凉转了两世，他们以高超的医术而扬名，这块牌匾就是为他们而书赠的。金刚殿，顾名思义，这里雕塑的四大神像就是四大金刚风、调、雨、顺四弟兄。按照汉传佛教的建筑风格这个殿应叫天王殿，四大神像便是四大天王，他们分别是东方赤国天王，西方广目天王，南方增长天王，北方多闻天王，其实天王殿和金刚殿都是—个意思。金刚殿也可以称为过庭，就是前院到中院的通道。在金刚殿里有一件珍贵的历史文物，就是我们抬头看到的独尊这块牌匾。这块牌匾是明朝万里年间西宁屯兵解梁的李本盛书赠瞿昙寺的。独尊二字字体苍劲有力，雄厚端庄，有人把这块牌匾称之为天下第一匾，这有点夸大其词，但说它是青海第—匾一点也不过份，这块牌匾已收录于中国名匾录书，它是极有历史价值和艺术价值的珍贵文物。
    在寺院建筑美学上又把金刚殿称之为过白，它说金刚殿的前后两道门好象两面镜子，透过镜子可以把寺院建筑的风水看的一清二楚。从前面镜子里看瞿昙寺的照山，隔河遥对是寺院的朝案之山，也叫照山，风水上称之为案山如臣，以凤凰单展翅而传语乡里。它以朱雀翔舞之势回顾主山。但我们用眼细看，用心去领悟，这座山尤如一座巨大的弥勒佛雄伟笑姿面对，所以我们又把它称之为弥勒朝佛。瞿昙河水在寺前缓缓流过这叫“金带环绕”。从后面镜子看瞿昙寺的靠山，靠山也叫主山，镇山或称之为龙山，也叫来龙，玄武垂头。瞿昙寺的靠山叫罗汉山，山势浑圆、端正，犹如一座巨大的屏风，挡风纳阳，是寺院天然的背景，它又如一尊金刚罗汉威然打坐。细看此山又象一只雄伟的巨象，天天为寺院赐福送祥，它也是瞿昙寺一座天然的辟雪针。左边这座山叫庙顶子山，山势逶迤，如青龙蜿蜒；右边这座山叫卧虎山，称之为白虎驯服，也叫猛虎啸山。左青龙、右白虎护卫着主山罗汉山，整个寺院建筑如将军坐帐之势。瞿昙寺的地理风貌， 山环水绕，景物天成，是一块建寺院的风水宝地。
    瞿昙寺的中院，建筑比较拥挤，佛教氛围浓厚，它隐透出藏传佛教的神秘感。瞿昙寺的前殿就是瞿昙殿，是瞿昙寺最早的建筑，位于中院正中，宽五间深四架，面积300平方米，重檐歇山顶。建于大明洪武25年(公元1392年)，距现在已经有619年的历史。进入瞿昙殿，举目仰视，明太祖皇帝朱元璋御赐的瞿昙寺牌匾高高悬挂在前檐，御匾上的字是敕赐瞿昙寺，大明洪武二十六年月日。瞿昙寺三个字它是用纯金的金片对贴而成，这是当年的原物，是瞿昙寺现今最为珍贵的、价值连城的镇寺之宝。瞿昙殿前檐下有石雕须弥座，是永乐皇帝御赐之物，须弥座石质为花斑石，取材于河南浚县，花斑石是历代皇家所用，显示华贵与气派，这座须弥座是前几年对瞿昙寺维修时从地下挖出来的，当时破损几块，是文物专家用特殊的胶把它粘起来放在瞿昙殿檐下，成为信徒布施和粘贴硬币的地方。须弥座上面有三行小字，分别是大明永乐年施的汉、藏、梵三种文字这是一件有五百九十多年历史的珍贵文物。在上面布施零钱、粘帖硬币已成为游客的习惯，有硬币能粘与佛有缘之说，其实进了三宝殿都是有缘人，佛祖都会保佑大家。
    瞿昙殿建于明洪武25年，但在前檐的中梁上有乾隆47年的修建日期，这说明在明洪武25年只是修了后面的佛堂，抱厦是在清乾隆年间所建，同时在瞿昙殿的外围修了一道外墙形成了一个暗道可以直通后门，更加重了它的神秘感。殿前的正墙面上有两幅属于明代的壁画，它叫曼陀罗壁画，也叫坛城，属历峰贴金，两边墙上是两幅清代壁画。
    瞿昙殿是藏传佛教的殿堂，里面的佛像以前都是明代皇帝御赐的镏金铜佛像，1958年时全部炼铜了，现在的佛像都是新近雕塑的泥塑佛像，佛堂正中佛像后面的三通背光是明代初期所制，有六百多年的历史，它透剔玲珑，色调丰富多彩，只是上面的大鹏鸟和几只象是新放上去的，殿内的莲台，两边的壁画，天蓬板画都是明代的作品极其珍贵。
    瞿昙殿正中的三尊佛像是三世佛，即过去佛、现在佛和未来佛。过去佛叫燃灯古佛，他是古印度灯照国国王的太子；现在佛叫释迦牟尼佛，是古印度迦毗罗卫国静饭王的太子名叫乔达摩.悉达多；未来佛是弥勒佛，生于古印度南天竺国婆罗门家庭的弟子名叫慈氏。相传公元前五世纪，也就是两千五百多年以前，燃灯古佛把统治世界的权力交给现在佛释伽牟尼佛，将来释伽牟尼佛要把统治世界的权力交给弥勒佛，什么时候交呢?说要过四十七劫，劫是佛教的年代数词，说一劫相当于我们的十八万年，四十七劫就是七千八百多万年，这真是一个遥遥无期的时间概念。殿堂两边的塑像都是在藏传佛教的历史上有突出贡献的高僧大德。殿内两边墙上的壁画是高僧二身像，三面六臂密集金刚、三面八臂金刚和善财童子五十三参，前壁为不动明王，天蓬板画为一佛两弟子。
    环绕着瞿昙殿对称形的建有两座配殿和四座小巧玲珑的佛塔，配殿很久以前据说是僧侣的寝室，现在是小佛堂。佛塔叫香趣塔即菩提塔，分四个方位，教化世人诚心向佛虔心修行之意。瞿昙殿的东西两侧建有回廊，回廊上面是小钟楼和小鼓楼，钟楼下面是护法殿，鼓楼下面是三世殿。护法殿当地人也叫黑喇嘛殿，是寺院执法的地方。对违犯戒律的僧侣要在这里予以惩处，世间有什么不公之事，佛祖就在这里要秉公而断，是佛祖惩恶扬善的所在。护法殿虽然很小，可名气很大，人们如果遇到不公之事，都到这儿来向佛诉讼。护法殿很少开门，当地人就成了摇锁吃咒的习惯。说来到殿门上用手摇一下锁子，锁子一响，佛祖就知道你所诉讼之事。护法殿里的壁画是护法金刚，里面阴森恐怖，令人望而生畏，据说这里以前有三张人皮，所以叫人皮殿，可人皮在1958年已毁坏，不知去向，护法殿的门额板画上画着倒挂的熊皮、人皮和虎皮，门框上画着人头骷髅，象征着佛法惩恶扬善的尊严和铁面无私的威严。这个殿不让闲杂人等入内，也不让妇女小孩靠近。护法殿外悬着两块匾额，是明崇祯年间碾伯游击将军赵进洪书写的除邪护正和清同治年间甘州的游击将军陈应春书写的告往知来牌匾，这两块匾也是不可多得的珍贵文物。三世佛殿内的三世佛像为明代佛像，有六百多年的历史，是瞿昙寺保存最为完整的泥塑佛像。
    瞿昙寺的中殿叫宝光殿，宝光殿是大明永乐皇帝朱棣御赐之名，也是永乐皇帝赐建的。它的建筑规模大于瞿昙殿，而且已是汉式建筑，属甘青地方建筑风格。宝光殿宽五间深五架，平面近正方形，面积约五百平方米，重檐歇山顶，高12米，左右后三面砌砖墙，四面设明廊，柱间置护栏，前檐设月台，两侧建八字砖墙，前檐明次间装五抹隔扇，中间隔扇是正大斜交遍地如意图案，两边是正大斜交遍地棱形图案。永乐皇帝御书的宝光殿牌匾现已不知去向。宝光殿建于永乐十六年(公元1418年)比北京故宫的建成还要早两年。
    宝光殿内有许多珍贵的文物，中间佛像下面的莲花宝座是大理石雕制而成，是永乐皇帝从云南大理运来布施给瞿昙寺的，还有四座花斑石的器物座都是永乐皇帝从河南浚县运来布施给瞿昙寺的，木制器物座是楠木雕制而成。两边的壁画，梵文六字真言的天蓬、殿堂里的大鼓都是明代东西。
    宝光殿正中的佛像是释迦牟尼佛，也叫觉卧佛；是释迦牟尼十二岁等身佛像。据说这尊佛像的真身是拉萨大昭寺里的那尊佛像，它雕塑于印度，是按照释迦牟尼十二岁时的形像而雕塑的，我国有位高僧法显去印度取经时把这尊佛像带回了长安，文成公主进藏时又把这尊佛像带到了拉萨，放于大昭寺内，宝光殿中的这尊佛像就是仿照大昭寺的佛像雕塑的。释迦牟尼的两边是两尊胁持菩萨，右边是文殊菩萨，左边是普贤菩萨，文殊是聪明与智慧的化身，普贤是仁慈与善良的化身，他们是华严三圣。
    右下方的第一尊佛像是藏传佛教格鲁派(黄教)的创世人宗喀巴大师。宗喀是地名，元、明时期，西宁地区称之为宗喀地区，巴是圣人的意思。因为宗喀巴历行宗教改革，创立黄教，成为了一代宗师，人们就尊敬的称他为宗喀巴，意思就是从宗喀地区来的圣人，他生于1352年，卒于1413年，享年61岁。
    左下方的第一尊佛像是瞿昙寺的创寺僧人三罗喇嘛，三罗喇嘛名叫桑杰扎西，生年不详，卒于1414年，西藏山南洛扎县人，是藏传佛教噶玛噶举派创世人玛尔巴的传人。为什么一个西藏的僧人远离故土历尽艰辛来到青海？为什么他又要在这偏远的山沟里建立这样一座规模宏大的寺院，而且会受到明王朝历代皇帝的尊崇呢?这有它一定的历史背景和社会缘源。
    公元1368年，朱元璋推翻元蒙王朝建立了大明王朝。元蒙王朝时期因忽必烈独尊藏传佛教的萨加派，尊萨加派僧人巴思巴为帝师，萨加派在元蒙王朝的支持下成为藏区的统治者。当朱元璋建立大明王朝以后他废弃了元蒙王朝独尊一派的作法，为了达到对藏区分化、瓦解有利于统治的目的，召噶玛喝举派黑教四世活佛若必多杰进京朝见，当四世活佛路经安多和宗喀地区时受到了许多萨加派僧人的刁难，所以他为了拓展地盘特派三罗喇嘛到青海来传播佛法，三罗喇嘛奉上师之命带着弟子和部族不远千里翻过唐古拉山来到了甘肃河西走廊的上房寺，在那里修行传法。由于当时河西走廊一带残元势力不断的叛乱，为了躲避蒙古族部落的侵扰，三罗喇嘛带着弟子和部族来到青海湖边，在海心山上苦苦修行，他的佛法知识和修行精神在环湖地区影响很大，民间尊称他为白象骑士，说他骑着一头白象在青海湖面上来去自如。其实他只是经常骑一头白牦牛，冬天湖面结冰时，他带了很多吃用的东西进去。第二年湖面结冰再出来，年复一年苦苦修行，青海的安多政教史称他为海喇嘛，明史上称他为三刺喇嘛，其实都是一个人。
    1371年，由于甘青地区的残元势力又发动叛乱，朱元璋派安国公大将蓝玉率领大军征讨，把残元势力赶到了大漠以北，当时住在环湖地区和祁连山脉的一个庞大的藏族部落罕东部落的首领也怕明王朝的征讨，准备要带着整个部落向西部迁徙，三罗喇嘛是一个有远见卓识和开明的喇嘛。面对着这种势局，他认为，大明王朝统一全国势在必行，只有国家统一，社会安定，民族团结，人民才有幸福的生活。所以他利用在佛教界的威信，写信规劝罕东部落的首领归顺了大明王朝，使青海得到了安定。朱元璋当皇帝二十多年没有在青海办成的事情，三罗喇嘛只一封信就办成了，他对三罗喇嘛非常赏识，为了褒奖三罗喇嘛为安定青海的功绩，他要给三罗喇嘛选址赐寺。
    三罗喇嘛遵照朱元璋的旨意沿青海的拉脊山脉向东云游选址。有一天他来到寺院后面的罗汉山下，看见山下有一眼清泉，泉水清彻透底甘甜清香就烧了一壶水喝完上马而行。当走到半路上他发现手里的马鞭子不见了，想起马鞭子被忘在泉边，他回马到泉边来找马鞭子的时候，马鞭子变成了一棵珍珠树长在泉边，也有人传说马鞭子变成了两条金鱼在泉里面游来游去，好象两条金龙在戏耍，这就是瞿昙龙池传说的来历。三罗喇嘛看到这种景象觉得非常奇异，再看了这里的山形水脉认为这里是建寺院的圣地。他四处化缘并在他梅氏家祖的帮助下于洪武25年(公元1392年)建起了瞿昙殿，洪武26年(公元1393年)他骑着马带着弟子和许多贡品，不远万里，跋山涉水亲自到当时的京城南京去瑾见洪武皇帝朱元璋，请求朱元璋为他的寺院赐名，也请求大明王朝支持他的这个寺院。朱元璋也非常乐意为这个寺院赐名，这主要有三个原因：第一个原因是为了褒扬三罗喇嘛为安定青海而作出的贡献；第二个原因是他要在中国的西部地区找一个替明王朝以政教合一的形式统治少数民族的代表人物，选准了三罗喇嘛；第三个原因是在少数民族地区以政教合一的形式统治最为适宜，而大兵压境倒适得其反，他深深地知道，建一处寺院胜养十万兵，如此美事他何乐而不为呢？朱元璋问三罗喇嘛寺院里供的佛像是谁，三罗喇嘛回答是释迦牟尼佛。释迦是姓氏，牟尼是梵语圣人的意思，释迦家族的尊称与古姓是瞿昙，释迦牟尼的乳名也叫瞿昙，朱元璋说既然释迦牟尼家族的古姓是瞿昙，我给你这个寺院赐名就叫瞿昙寺，御笔一挥，敕赐瞿昙寺的金字牌匾就高高悬挂在了瞿昙殿前。先有了瞿昙寺名后有瞿昙地名，这是寺院经济带出来的一片地方。
    朱元璋御赐寺名后，又把三罗喇嘛封为西宁地区僧纲司都纲，他的侄子班丹藏卜被封为灌顶净觉弘济大国师。瞿昙寺在明王朝中出了两个大国师，七个都纲。现青海博物馆还珍藏着两枚大国师印，一个是重八十八两的镏金铜印，一个是象牙印。三罗喇嘛也是瞿昙寺大活佛传世体系的大活佛，公元1414年圆寂于瞿昙寺，他的肉身由寺院里的僧侣们一直保存到了公元1958年，在那个非常的年代他的肉身不知被扔到了那里。他的转世灵童已转至十四世，十四世活佛仍然健在。
    三罗喇嘛于1392年创建的瞿昙寺，经过明王朝前四代皇帝的尊崇与支持不断的发展壮大。明王朝十六个皇帝中先后有七个皇帝为瞿昙寺赐建寺院，御书碑文牌匾，赠送大量的珍贵物品，使瞿昙寺在中国的西部地区显赫一世，达到了顶峰。然而明王朝的兴衰史，也是瞿昙寺的兴衰史。自从明英宗(朱祁镇)即位，明王朝走向衰败瞿昙寺也走向了衰败，到明宪宗成化年间瞿昙寺不得不由噶玛噶举派的黑教改宗为格鲁派成为黄教寺院。在明末崇祯年间，农民起义军李自成派大将贺锦率兵西征来到青海，青海的很多藏族部落都没有反抗，而世受明王朝皇恩的瞿昙寺属民卓仓藏族起兵反抗，受到了农民起义军的沉重打击，瞿昙寺属民人口巨减，香火锐减。当清王朝建立的时候，瞿昙寺的上层僧人曾给清顺治皇帝写奏章请求清王朝也像明王朝一样重视瞿昙寺，这个奏章却被当时的金城总督没有及时送呈顺治皇帝，顺治皇帝接到这道奏章时已整整过了四年时间，而这时清王朝已经重视青海的塔尔寺和佑宁寺，瞿昙寺失去了清王朝的抚持。尤其是在清雍正年间，青海的罗卜藏丹津起兵反叛朝庭，瞿昙寺的僧侣也加入了反叛行列。雍正王朝派大将年羹尧和岳钟琪征讨青海叛军，大战于佑宁寺，寺院被烧，瞿昙寺活佛被擒，并且在兰州关了七年，瞿昙寺的僧兵和卓仓地区的藏兵损失贻尽，使瞿昙寺又受到了一次沉重的打击，从此瞿昙寺便一撅不振。
    殿堂右下方的第二尊佛像是瞿昙寺小活佛转世体系的八世小活佛，由于社会和寺院内部的原因小活佛到八世以后就没有转世，左下方的塔就是他的灵塔。宝光殿中间的佛像是藏传佛教二十一度母之一的蓝度母，在藏传佛教里面蓝度母主要是求财的，也叫财神菩萨，据说这尊财神非常灵验，如果虔诚膜拜，她会使你梦想成真，赐给金和银，但如果如愿以偿，千万别忘了来给财神还愿。
    宝光殿殿内的壁画，正面壁画的是三世佛，左右两边的壁画是三面六臂、三面八臂的密集金刚和高僧明王二和不动明王二。东西北三面外墙皆分别画佛教故事，但在清朝年间已全都毁坏。
    每个寺院都有它自己的特点，瞿昙寺以它古朴的建筑，珍贵的文物，精美的壁画而名扬天下。瞿昙寺的建筑不但有独特的建筑风格，而且具有悠久的历史。虽然历朝历代对瞿昙寺都进行了不同规模的重建与维修，仍然保留了它古色古香的建筑风貌，特别是新中国成立以来把瞿昙寺列为国家重点文物保护单位，1994—2001年期间国家为瞿昙寺投资了—千二百万元巨资，本着以旧修旧，修旧如旧的原则加以维修和保护，使瞿昙寺再现了古朴、陈旧的原貌，瞿昙寺是我国此今为至保留最为完整的明代官式建筑之一。瞿昙寺现存的文物极为珍贵，有皇帝御赐碑志、御赐匾额、象牙印、镏金铜印、镏金铜佛像等多种珍贵文物357件之多，实属罕见，除了不易挪动的大件文物在寺院陈列外，其余小件文物都在青海博物馆馆藏，成为青海博物馆的镇馆之宝。瞿昙寺精美的壁画有1760平方平方米，主要分布在殿堂和回廊里面，它仅次于我国甘肃敦煌的壁画，是甘肃敦煌壁画的一个补充。敦煌壁画是从北魏年间到隋、唐、宋、元时期的壁画。瞿昙寺是明清时期的壁画，正好填补了敦煌壁画的空白。
    瞿昙寺有七十二间回廊，民间称之为七十二间走水亭。说瞿昙寺的后殿建在了罗汉山下的龙池之上，龙池之水就是从两边的回廊下排出去的，所以叫走水亭。说以前人们来到回廊，用耳朵贴着地面会听到下面哗哗的水声，现在由于地下水位下降，龙池干枯听不到水声了。在七十二间回廊里面以前有58间壁画，现残存的只有28间400平方米，其中清代壁画18间，明代壁画10间。明代壁画属宫廷画师所画，清代壁画为民间画工所为。瞿昙寺壁画都是以天然石色为颜料，虽然过去了几百年的历史，但依然清晰可见，鲜艳夺目。回廊里的壁画都是佛传故事，一幅壁画就是一个故事。明代的壁画更是故事内容具体化，它在每个壁画的小框里写上一首小诗，用诗的含意表述故事的情节。瞿昙寺的壁画都是明代所创，但由于损坏以后清代补画了一部分。补画的画师他们非常巧妙的把自己的姓名留在了隆国殿右边抄手斜廊壁画的屏风上面，他们是平蕃县上窑堡的徐润文、何济汉、孙克恭三人，平蕃县现为甘肃省的永登县。上窑堡现为窑街地区。
    瞿昙寺的后院是以北京故宫为蓝本的汉式宫庭式的建筑群体，它是瞿昙寺建筑的最高潮，是永乐皇帝扩建寺院后的进一步完善。它建成于宣德二年(公元1428年)距永乐赐建中殿隔10年，但它的建筑风格却大不一样，规模更大，质量更高，整组建筑完全采用了当时北京故宫建筑的最新设计。后殿隆国殿是北京故宫太和殿在青海的再现，左右两边的大钟楼和大鼓楼是故宫文昌阁和武昌阁的反板。高大雄伟的隆国殿矗立在红砂石雕制的高2.3米的塔垛之上，雕梁画栋、青砖碧瓦，慰为壮观，充分显示了皇家建筑的雄伟气魄。按照汉式的建筑风格该是左钟右鼓，但瞿昙寺不知是什么原因却是左鼓右钟。钟鼓楼梁柱彩绘非常精美，它是现今保存最为完好的明初官式彩绘。
    悬挂在钟楼上的大钟，高有2.2米，口宽1.4米，重有一吨，是宣德皇帝御赐的青铜铸就的巨钟，是不可多得的珍品。相传这口钟挂在这儿以后，制钟的工匠给寺院里的僧侣们说，你们先不要敲响这口钟，我向南走，走到什么地方，钟声就会传到什么地方。他骑着马向南疾走，翻过南山，到了距瞿昙寺有60公里的现化隆县巴燕镇，寺院里的僧侣们等得不耐烦了，就敲响了钟声，大钟一响声音高亢宏亮，传到化隆巴燕，吓惊了工匠所骑之马，工匠从马背上摔了下来，他觉得非常惋惜，怨僧侣们钟敲的太早了，如果再晚点敲，他会走的更远，钟声也会传得更远。从此以后，钟声就只能传到化隆巴燕。瞿昙有一句谚语，叫“瞿昙钟响，巴燕马惊”这是对这口青铜巨钟最好的赞誉。但这口钟在1958年惨遭磨难，有人要把这口钟拿下来去炼铜，但由于钟太沉，拿不下来，就派人上去把这个钟砸了一个洞，破坏了钟的音质，从此以后这口威名远扬的钟永远的沉默了，不要说传60公里，60米外的山门前也听不到它的声音了。但它作为一件珍贵的历史文物被保存下来了，当地人对这口钟非常的敬仰和崇拜，说年老体弱的、身体易得病的、小孩夜间易哭的，在这钟下转一圈，金钟罩身会保你一生平安。站在钟楼的阳台上放眼一望，寺院的整个建筑尽收眼底，从山门到隆国殿层层叠叠，气势恢宏，让人感到心旷神怡，美不胜收。
    钟楼下面是药师佛殿。殿里中间雕塑的是药师佛和他的两个胁持菩萨，一名日光，一名月光。传说他们是父子三人，父亲是一位梵士，养育二子，父子三人有感于世间的浊乱，于是发起菩提心，誓愿拯救病苦众生。电光如来对他们非常赞叹，劝梵土改名为医王，二子改名为日照和月照，这位蒙受电光如来嘱咐的梵士，成佛之后就是药师如来，二子也就是日光和月光两位胁持菩萨。
    抄手钭廊建筑是最具特色的建筑之一，是仿故宫的式样而建，但在清乾隆年间，乾隆皇帝怕故宫失火泱及太和殿把抄手钭廊给拆去了，但瞿昙寺却仍然保留了这种建筑，也是我国现在保存不多的抄手斜廊建筑之一。
    隆国殿是瞿昙寺最后的一个殿，也是最大的一个殿，重檐庑殿顶，高16米，宽七间深五架，面积近千平方米，前面伸出束腰式月台一方，左右设踏垛九级，周围红砂石栏杆，大殿四面设廊，前檐的明间和两次间装四抹隔扇，十分精致。它比北京的太和殿少两间，因为太和殿是皇帝上殿的地方，取九五之尊之意。隆国殿和北京十三陵明成祖墓前面的陵恩殿如出一格，一张图纸，出自一个工匠之手，因为在瞿昙寺的整个后院修建之初，永乐皇帝从北京派了孟继、陈亨、尚义、袁琦四个太监为监工，带着图纸、工匠、资金来修的，所以它完全是北京故宫在青海的反板和缩影。
    高高悬挂在隆国殿檐前正中的隆国殿匾额是宣德二年二月初九宣德皇帝的御笔，隆国殿三字在摆布上隆字稍向右偏，这里面肯定有一定的隐函，故宫的太和殿明朝是叫奉天殿，取意是奉天殿是皇帝的正殿，而隆国殿是皇帝的偏殿。
    关于偏殿乐都有这样一个传说，说朱元璋所立的太子朱标英年早逝，随立长孙朱允坟为皇太孙。朱元璋死后朱允坟继位，称惠帝年号建文。但建文帝的四叔北京燕王一直心怀不满，发起了靖难战役，打了四年，占领了京城南京称帝为永乐年号，建文皇帝化妆成僧人从地道逃跑，不知去向，有人说他向西部逃去，永乐皇帝派人向西部追赶，说这队人马一直追赶到了现在的乐都县城所在地，看到南北两面都有山沟岔路不知去向，就禀报永乐皇帝到此碾别了，随把这里地名称为碾伯，这就是乐都县城碾伯镇地名的来历。永乐皇帝认为建文帝如果真正跑到了这里，就在瞿昙寺里给他修一处皇室偏宫，在此了此一生。其实建文皇帝到了那里，死于何处至今还是一个迷。
    隆国殿前檐下有四块匾额，分别是佛威震虏、智若钟盘、东土传灯、西来正觉是明清时期作品，有较高的历史和艺术价值。瞿昙寺是国保单位，而隆国殿是宝中之宝，殿里的文物都属于极品，进门所见的第一件是珍珠树，传说这颗珍珠树是三罗喇嘛的马鞭子所变，其实是宣德皇帝御赐之物。此树很有盛名，乐都人对此树也非常崇拜，说求儿求女求姻缘的人到此是有求必应的，珍珠树上挂满了针织和刺绣的东西，那都是信男善女来还的信物。很早以前人们到这里求儿女求姻缘都扣一点树皮回去，天长日久求的人多把这颗茂盛的树扣枯萎了，现在人们来求时要僧人的指导下用臂要在树身上蹭，如果能蹭下彩线就说明佛答应他要求了。珍珠树后边是铜制的酥油灯。它叫长明灯，里面能装500斤酥油，每年的正月二十五装满酥油，点燃后整年不灭，谁能点上其灯，功德无量，佛祖会保佑他一身平安，万事如意。树、灯、炉下的器物座都是用红砂石雕制，是属明代的东西。香炉的后面立着一块楠木雕制的牌子，上书藏、汉、梵三种文字，皇帝万万岁五个镏金大字，牌子左右两边的九龙，以前是铜制九龙，1958年已被炼铜，现上面的九龙是木制九龙，是1982年一个本地的木匠所雕刻。这块牌子是永乐皇帝派来的御前太监瞿昙寺监工，孟继、陈亨、尚义、袁琦四人在宣德二年二月初九所立。为什么要在藏传佛教的寺院里立上皇帝万万岁的牌子呢?这里可以说有两层意思，第一层意思是瞿昙寺是明王朝时期西宁地区政权合一统治的行政权力机构，因此它是显示皇权的威严，有如朕亲临之意，不管是什么人来到瞿昙寺就要向敬重皇权一样敬重瞿昙寺；第二层意思是歌颂永乐皇帝尊崇佛教，弘扬佛法，兴修寺院呈现大统天下盛世的功德。孟继此人是永乐皇帝的御前太监，是兴建瞿昙寺的总管。宣德二年二月初九瞿昙寺修建完工以后，他带着其它太监和工匠准备途径西宁返回北京向宣德皇帝复命，当走到大峡的时候，突然身染疾病医治无效死在了高店，被埋在了湟水河南岸的大山里，明王朝为他举行了隆重的葬礼，并在他的墓前雕制了许多石羊、石虎、石牛、石马等，而且还立了一块非常高达的石碑，碑上书刻了宣德皇帝的圣旨，凡见此碑者，文官落轿，武官下马，徒步而行，一直到见不到碑方可乘轿、上马，不知什么时候这通碑被人推倒了，有人说这是当地百姓所为，因为官员徒步而行时百姓要送茶送吃，负担太重所以推倒了；也有人传说是官府所为，因为官府之人来到这里徒步而行5公里，非常辛苦，心有怨气，所以把他推到了。民国时期有一巨姓老先生带学生挖土钻到碑身下抄写碑文，但所抄碑文不知所去，现健在的学生只隐约记得御前太监孟继之墓。非常可惜的是这些石羊、石虎、石牛、石马在1958年被人砸毁，石碑也被高店猪场打了猪槽，现已不知去向。孟继太监为了修瞿昙寺奉献了自己毕生的精力，连他的尸骨也埋在了乐都的大山之下，现在的孟继之墓被乐都县政府定为县级文物保护单位。
    大殿最后居中高高在上的佛像是大持金刚佛，但在汉族人的眼里他头戴皇冠，威武雄壮是永乐皇帝的化身。所以乐都人把隆国殿称之为永乐殿。大持金刚佛的莲花宝座用红砂石雕制而成，栏杆为玉石栏杆，材料源于缅甸，均为宣德皇帝御赐之物。莲花宝座的长、宽、高、厚度和北京故宫太和殿皇帝宝座丝毫不差。隆国殿的西南有一眼清泉，这就是当年三罗喇嘛失马鞭的地方，也就是瞿昙龙池。相传很早以前一个小阿卡不小心掉在泉里淹死了，僧人们每天早上向泉里面到牛奶以示纪念。时间长了牛奶竟从三公里外河边泉中流出，真是神奇之至，可是1958年人们冲进寺院把隆国殿的十八罗汉象全部砸在了泉中，从此龙池便干枯了。隆国殿两边的神像是十八罗汉，一个罗汉一种形象，一个罗汉一个姿态，神态各异，惟妙惟肖。瞿昙寺隆国殿里东、北、西三面的壁画是极为珍贵的艺术佳品，北墙正中佛像为三世佛，右为怖畏德金刚，左为时轮金刚，西墙为双尊密集金刚和双尊怖畏金刚，东墙壁为双尊喜金刚，双尊胜乐金刚（明妃三面），四面八壁时轮金刚，这些壁画最大的高有5.8米，宽有6米，像这种高峰贴金式的笔画极为罕见，为艺术之珍品，是世界之最。用红布遮住一是为了保护，二是为了增添佛教密宗的神秘和高深。隆国殿左侧的象背云鼓是我国尽存的一件不可多得稀世珍品，它长   米，高  米，红砂石雕制的莲台上跪一头小象，象背上是鞍垫，鞍垫上是花瓶，花瓶上飞祥云架，云架支撑着一面大鼓，说这鼓叫震天风雷，如果把它搞响会震下天上的花，震下了一枝莲花，象用鼻子卷起莲花，整幅雕刻精美细腻，小象憨厚驯良，做工堪称上品。象代表吉祥，瓶象征太平，再加上祥云，有歌颂大明王朝太平吉祥，盛世誉满八方之意。它不但是一件艺术珍品，也是瞿昙寺吉祥的神物，请大家摸摸它，粘粘瞿昙寺的吉祥和灵气，把它带回家中，祝愿你的家人扎西德勒、吉祥如意。老人摸摸象，延年益寿身体棒；中年人摸摸象，事业有成心气旺；青年人摸摸象，爱情甜蜜永不忘；少年摸摸象好好学习天天向上，摸摸大象头万事不用愁。
    瞿昙寺大鼓楼先存放一些莲花型古架支撑的大鼓，鼓面直径为1.2米，鼓身为彩绘莲花，俗称莲花大鼓，据说这通鼓得鼓面以前是人皮鼓面，但人皮鼓面于1958年被损坏，现今为牛皮鼓面。
瞿昙寺是中华民族古建艺术之瑰宝，它的建筑、石雕、木刻、版画、砖雕、瓦当都是具有极高的保存和观赏价值。随着西部大开发，青海大发展，瞿昙寺的知名度也再不断提高，它正敞开宽大的胸怀，广接八方游客来瞿昙寺观光旅游。